Göynük İtfaiye meydanında bulunan eski bir ahşap binada 1953'te Göynük Ortaokulu olarak hizmet vermeye başlanmıştır. Daha sonra şu anda kullanılmakta olan binaya 1960'ta geçiliyor.
1974-1975 Eğitim-öğretim yılında aynı binada Göynük Lisesi ile beraber eğitim-öğretim devam ediyor.1996 yılında lise O.Ç.Ç.P.L binasına taşınıyor. Bu bir müddet boş kalıp Halk Eğitim Kurs binası olarak kullanılıyor. Daha sonra 1996 yılında Göynük İlköğretim Okulu (Taşımalı Sistemle birlikte) 2008-2009 eğitim-öğretim yılına kadar eğitim öğretime bu binada devam etmiştir. 2012-2013 yılına kadar Halk Eğitim Kurs Merkezi olarak kullanılan bina 2012-2013 Eğitim-Öğretim yılında Göynük Ortaokuluna hizmet vermeye başlamıştır.
Göynük Ortaokulu 2012-2013 yılında 4+4+4 eğitim sistemine geçildiği için Göynük İlköğretim Okulundan ayrılarak bağımsız okul durumuna gelmiştir. 2017-2018 yılında Göynük Ali Ericek İlkokul binasının ilçemize kazandırılmasından sonra Göynük Ortaokulu mevcut binada hizmet vermeye başlamıştır.
